Das Jenaer Institut für Erziehungswissenschaft gehört zu den ältesten Stätten pädagogischer Ausbildung und Forschung. Seine Wurzeln reichen bis in das 16. Jahrhundert zurück, in dem mit der Gründung des 'Akademischen Gymnasiums' (1548) bzw. der 'Hohen Schule' (1558) zur Ausbildung von Theologen und (Lateinschul-) Lehrern pädagogisches Denken belegbar ist. Untrennbar verbunden mit Jena und seinem Einfluss auf die deutsche und europäische Bildungswelt sind auch Goethe und Schiller, dann Fichte, Hegel und Schelling. Die von ihnen für Literatur und Philosophie entworfenen Vorstellungen hatten unmittelbaren Einfluss etwa auf Herbart und Fröbel.
Das Institut genoss Anfang des 20. Jahrhunderts, auch durch seine Initiativen in der Erwachsenenbildung, der wissenschaftlichen Weiterbildung und der Sozialpädagogik, weltweite Achtung. Es entwickelte sich zu einem Zentrum der internationalen pädagogischen Reformbewegung. W. Flitner und H. Nohl, einflussreiche Vertreter der geisteswissenschaftlichen Pädagogik, wirkten an dem Institut.
Die Brüche und Spannungen des Nationalsozialismus und der kommunistischen Herrschaft ließen die Pädagogik in Jena nicht unberührt; das Institut wurde politisch in Anspruch genommen. Nach der Abwicklung der Sektion Erziehungswissenschaft im Jahre 1990 haben zahlreiche Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus dem ganzen Bundesgebiet durch ihre Mitarbeit erziehungswissenschaftliche Forschung und Lehre an der Jenaer Universität unterstützt.
Die Sektion Erziehungswissenschaft wurde von 1990 bis 1992 von Prof. Dr. Günther Scholz kommissarisch geleitet. Herr Prof. Dr. Andreas Flitner (Universität Tübingen und Honorarprofessor an der Universität Jena) baute während dieser Zeit als Gründungsprofessor die Strukturen eines neuen Instituts auf. Das Institut für Erziehungswissenschaften wurde offiziell am 08.11.1993 gegründet unter Leitung von Prof. Dr. habil. Peter Fauser als Direktor und Prof. Dr. Dr. habil. Michael Winkler als stellvertretendem Direktor.
Die weiteren Direktoren des Instituts sind:
Herr Prof. Dr. Alexander Gröschner (seit 2024)
Herr Prof. Dr. Roland Merten (von 2018 bis 2024)
Frau Prof. Dr. Bärbel Kracke (von 2015 bis 2018)
Herr Prof. Dr. Andreas Frey (von 2012 bis 2015 )
Frau Prof. Dr. Michaela Gläser-Zikuda (von 2009 bis 2012)
Herr Prof. Dr. Roland Merten (von 2007 bis 2009)
Herr Prof. Dr. Ewald Johannes Brunner (von 2005 bis 2007)
Herr Prof. Dr. Michael Winkler (von 2004 bis 2005)
Herr Prof. Dr. Dr. Ralf Koerrenz (von 2002 bis 2004)
Herr Prof. Dr. Dr. Michael Winkler (von 2000 bis 2002)
Herr Prof. Dr. Ewald Johannes Brunner (von 1998 bis 2000)
Herr Prof. Dr. Will Lütgert (von 1996 bis 1998 )
Frau Prof. Dr. Martha Friedenthal-Haase (von 1994 bis 1996)
